고령 장기보유 1주택자 보유세, 공제 받아도 늘어나는 이유와 변화 핵심 정리

2026.10.285분
핵심 요약

61세·11년 보유 1주택자의 반포자이 전용 84㎡ 보유세는 개편안 적용 시 약 1,627만 원으로, 현행 제도 대비 약 292만 원의 추가 세 부담이 발생할 수 있어요.

공정시장가액비율이 60%에서 70%로 상향되고, 과세표준 6억 원 초과 구간의 세율이 기존 1.0~2.7%에서 1.3~3.5%로 인상됨에 따라 고가 주택 보유자의 세액이 변동될 수 있어요.

2028년부터는 기존 '보유기간 공제'가 '거주기간 공제'로 전환될 예정이에요. 이에 따라 장기 보유 중이라도 실거주 요건에 따라 세액공제 혜택이 달라질 수 있어요.

오랫동안 주택을 보유하고 연령 공제 혜택까지 받는 고령 1주택자라 하더라도, 다가오는 세제 개편안에 따라 세 부담이 늘어날 수 있어요. 정부의 개편안은 공제 혜택을 유지하면서도, 세금을 산출하는 기초 값인 공정시장가액비율과 세율을 조정하는 내용을 담고 있기 때문이에요. 본 문서에서는 실제 시뮬레이션 데이터를 바탕으로 세금 증가 원인과 공제 체계의 변화를 상세히 정리해 드려요.

공제를 받아도 고령 1주택자 보유세가 늘어나는 이유는 무엇인가요?

세제 개편안이 적용되면 고령자 및 장기 보유자에게 부여되는 세액공제 혜택보다, 과세 표준을 높이는 변수들의 변화 폭이 더 커질 수 있어요. 이는 크게 두 가지 요인에 기인해요.

첫째는 공정시장가액비율의 상향이에요. 공정시장가액비율은 공시가격에서 기본공제를 차감한 금액에 곱하여 종합부동산세 과세표준을 결정하는 지표예요. 이번 개편안에서 이 비율이 기존 60%에서 70%로 상향되면, 동일한 공시가격을 가진 주택이라도 과세 대상이 되는 금액(과세표준)이 커져 세 부담이 늘어날 수 있어요.

둘째는 세율 구간의 인상이에요. 2주택 이하 보유자의 경우, 과세표준 6억 원을 초과하는 구간의 세율이 기존 1.0~2.7%에서 1.3~3.5%로 상향 조정돼요. 특히 과세표준 6억 원 초과~12억 원 이하 구간의 세율이 0.3%포인트 인상됨에 따라, 고가 주택 보유자의 실질 납부 세액이 공제액보다 더 크게 증가할 가능성이 있어요.

구분

내용

보유자 가정

61세, 11년 보유 1주택자

올해(2026년) 보유세

약 1,133만 원

내년 현행 제도 유지 시

약 1,333만 원 (올해 대비 18% 증가)

내년 세제 개편안 적용 시

약 1,627만 원 (올해 대비 44% 증가)

현행 대비 추가 부담액

약 292만 원 (현행 대비 1.2배 수준)

출처: 아시아경제 「반포자이, 내년 공시가 절반만 올라도 보유세 1600만원…현행대비 1.2배↑[2026 세제개편]」, 2026-08-03 / 시뮬레이션 결과는 조건에 따라 상이할 수 있어요

2028년부터 바뀌는 종부세 공제, '보유' 대신 '거주'가 기준이에요

세액공제 구조의 변화는 장기 보유 자산의 거주 전략에 영향을 줄 수 있어요. 현재 1주택자 세액공제는 만 60세 이상 고령자와 5년 이상 보유자에게 종부세 산출세액의 일부를 감면해 주는 제도예요.

기존에는 주택을 소유한 기간만을 기준으로 혜택을 주는 '보유기간 공제' 방식이었으나, 2028년부터는 실제 해당 주택에 거주한 기간을 기준으로 하는 '거주기간 공제'로 전환될 예정이에요. 이에 따라 2027년에는 과도기적 조치로 보유공제를 기존의 50% 수준만 인정하며, 2028년 이후에는 실거주 여부가 공제액을 결정하는 기준이 돼요.

세액공제 변화 및 한도 규정

  • 2027년(과도기): 보유공제 적용 시 기존 인정 금액의 50%만 반영하며, 세액공제 총액 한도는 800만 원이에요.

  • 2028년 이후(전면 시행): 보유기간 공제는 폐지되고 거주기간 공제로 대체되며, 세액공제 총액 한도는 600만 원이에요.

종부세 세율 인상이 적용되는 주택 가격대는 어디인가요?

세율 인상은 모든 주택에 일괄 적용되는 것이 아니라, 특정 과세표준 구간을 초과하는 주택에 집중돼요. 이번 개편안의 주요 내용은 과세표준 6억 원을 초과하는 구간이에요.

아시아경제 보도에 따르면, 과세표준 6억 원에서 12억 원 사이 구간의 세율이 0.3%포인트 인상돼요. 이를 실제 시장 가격으로 환산하면 시가 기준 약 32억 7,000만 원 초과부터 45억 1,000만 원 이하에 해당하는 주택들이 인상 대상에 포함돼요. 서울 전체 가구의 약 9%인 9만 2,000가구가 이 구간에 포함되어 있어, 고가 주택 보유자의 세 부담 변화를 살펴볼 필요가 있어요.

고령 장기보유 1주택자 보유세 관련 자주 묻는 질문
Q
60세 이상이고 10년 이상 보유한 1주택자인데, 세제 개편안 적용 시 보유세가 실제로 증가하나요?
A
고가 아파트를 보유하고 있다면 세금이 증가할 가능성이 있어요. 반포자이 전용 84㎡를 보유한 61세·11년 보유자를 기준으로 시뮬레이션할 경우, 공정시장가액비율 상향과 세율 인상 효과로 인해 현행 제도 대비 약 292만 원의 세금을 추가로 납부할 수 있어요. 다만, 이는 가정된 조건에 따른 결과이므로 실제 세액은 개인별 상황에 따라 달라져요.
Q
종부세 연령공제는 유지되지만, 보유기간 세액공제 혜택은 어떻게 변하나요?
A
연령공제는 유지되지만 보유기간에 따른 공제 혜택은 단계적으로 축소되거나 변경돼요. 2027년에는 보유공제를 기존의 50%만 인정하며, 2028년부터는 보유 기간이 아닌 '실제 거주 기간'을 기준으로 공제 여부를 결정해요. 세액공제 총액 한도 역시 2027년 800만 원, 2028년 이후 600만 원으로 제한돼요.
Q
종부세율 인상으로 인해 세금이 더 많이 나오는 주택의 기준은 무엇인가요?
A
과세표준 6억 원을 초과하는 주택부터 인상된 세율이 적용될 수 있어요. 이를 시가로 환산하면 약 32억 7,000만 원을 초과하는 주택들이 주요 대상이며, 이 구간에서는 세율이 기존 1.0%에서 1.3%로 상향돼요.
Q
이번 세제 개편안은 확정된 사항인가요? 아니면 국회 통과를 기다려야 하나요?
A
현재는 정부가 발표한 안을 바탕으로 국회 논의가 진행 중인 단계예요. 본 문서의 시뮬레이션은 2026년 8월 3일 발표된 정부안을 기준으로 작성되었으므로, 국회 심의 과정에서 세율, 공제율, 공제 방식 등이 변경될 수 있어요. 반드시 최종 확정된 법안을 확인하여 계획을 세워야 해요.

고령 1주택자라면 과세표준과 실거주 여부부터 확인하세요

결론적으로, 세액공제 대상인 고령 장기보유자라 하더라도 이번 세제 개편안의 영향에 따라 세 부담이 달라질 수 있어요. 실제 시뮬레이션 결과가 보여주듯, 공정시장가액비율의 상향과 세율 구간 조정이 맞물리면서 61세·11년 보유자의 반포자이 전용 84㎡ 보유세는 현행보다 약 1.2배 증가한 1,627만 원에 달할 것으로 예측돼요.

따라서 향후에는 단순히 주택을 오래 보유하는 것뿐만 아니라, 과세표준을 확인하고 실거주 요건을 점검하는 것이 중요해요. 2028년부터는 거주 기간이 공제의 기준이 되므로, 실거주 여부에 따른 세액 변동 폭을 미리 확인해 보는 것이 좋아요. 국회 심의 결과에 따라 최종 세율과 공제 방식이 변동될 수 있으므로, 확정 법안이 공포되면 본인의 자산 가치를 바탕으로 다시 한번 계산해 보시길 권해요.

사진AI 이미지
부동산 전문가

우병탁 전문위원

신한은행 신한 Premier패스파인더