장기보유특별공제 거주 요건 개편, 1주택자 양도세 변화 총정리

장기보유특별공제, 2029년부터 '거주 기간' 중심으로 개편될 수 있어요

장기보유특별공제는 주택 보유 및 거주 기간에 따라 양도차익의 일정 비율을 공제하여 양도세를 경감하는 제도예요. 현재 1주택자는 비과세 기준인 12억 원을 초과하는 양도차익에 대해 보유 기간(연 4%)과 거주 기간(연 4%)을 각각 합산하여 최대 80%의 공제율을 적용받아요. 다만 개편안이 적용되면 이 구조가 거주 중심으로 재편될 수 있어요.

2028년에는 거주 공제율을 연 6%로 상향하는 대신 보유 공제율을 연 2%로 조정하는 과도기를 거칠 수 있어요. 이후 2029년부터는 보유 공제가 폐지되고, 거주 기간에 대해서만 연 8%씩 최대 80%를 인정하는 '장기거주 소득공제'가 적용될 수 있어요. 시기별 상세 공제 요건은 다음과 같아요.

거주 기간에 따라 양도세가 달라질 수 있어요

보유 기간이 길더라도 실제 거주 기간이 짧다면 개편안 시행 이후 양도세 부담이 늘어날 수 있어요. 송파구 잠실엘스 전용 84㎡(양도차익 22억 원 가정, 10년 보유·2년 거주)를 사례로 분석한 결과, 매도 시점에 따른 세액 변화는 다음과 같아요.

위 시뮬레이션은 2029년부터 보유 공제가 적용되지 않음에 따라, 거주 기간 2년에 대한 공제(16%)만 적용되어 발생하는 결과예요. 또한, 고가 주택 보유자의 경우 실거주를 하더라도 '공제 적용 한도' 규정이 적용될 수 있어요. 재정경제부 분석에 따르면 양도차익 50억 원인 10년 거주자의 경우, 올해 3억 1,600만 원이던 양도세가 2029년에는 공제 한도 제한으로 인해 13억 7,300만 원까지 변동될 수 있어 주의가 필요해요.

고령자를 위한 비수도권 이주 감면 특례가 신설될 예정이에요

세 부담 변화에 대응하여 65세 이상 고령 1주택자를 위한 '비수도권 이주 감면 특례'가 도입될 예정이에요. 65세 이상 1주택자가 해당 주택에서 5년 이상 거주하고, 양도일 기준 2년 이상 계속 거주한 상태에서 비수도권으로 이주할 경우 세액 감면 혜택을 받을 수 있어요.

감면율은 2027년 50%(5억 원 한도)에서 2028년 30%(3억 원 한도)로 적용돼요. 다만, 이 혜택을 받기 위해서는 사후 관리 요건을 준수해야 해요. 양도 후 6개월 이내에 비수도권으로 실제 이주를 완료해야 하며, 이주 후 5년 이내에 다시 수도권 내 주택을 매수할 경우 감면받았던 세액이 추징될 수 있어요.

앞으로 1주택자의 양도세는 주택을 얼마나 오래 소유했느냐보다 실제로 얼마나 거주했느냐에 따라 결정될 가능성이 커요. 2029년부터 시행될 수 있는 보유 공제 폐지는 거주 요건을 충족하지 못한 경우 세부담을 높이는 요인이 될 수 있어요. 잠실엘스 사례에서 확인했듯이, 거주 기간이 짧은 상태에서 매도 시점을 2029년 이후로 결정할 경우 세액이 달라질 수 있다는 점을 유의해야 해요.

따라서 매도를 고려 중이라면 먼저 본인 주택의 정확한 보유 및 거주 기간을 확인해 보세요. 그다음 개편안의 단계적 적용 시나리오를 바탕으로 2028년과 2029년 중 어느 시점에 매도하는 것이 유리할지 비교해 보는 것이 좋아요. 특히 양도차익이 큰 고가 주택 보유자라면 새롭게 도입되는 공제 한도 규정과 고령자 특례 요건을 사전에 확인하여 계획을 세워 보세요. 개편안은 국회 논의 단계이므로 최종 법안의 내용을 꼭 확인하시기 바라요.