1 주택자도 양도세 폭탄? 장기보유특별공제 개편 논의와 실수요자 대응 전략

2026.05.087분
핵심 요약

최근 발의된 개정안은 장기보유특별공제(장특공) 혜택을 실거주 중심으로 축소하고 공제 금액 상한을 제한하는 내용을 담고 있습니다.

개편 시 고가 주택 보유자의 세부담은 최소 5,500만 원에서 최대 2.3억 원 수준까지 크게 증가할 수 있습니다.

단순 세금 이슈로 인한 급매보다는 보유 주택의 가격대와 거주 요건 충족 여부를 고려한 신중한 판단이 필요합니다.

부동산 관련 세제 규제가 다주택자를 넘어 1주택 실수요자에게까지 강화될 조짐을 보이면서 시장의 불안감이 커지고 있습니다. 특히, 1주택자 양도소득세 감면의 핵심 장치인 '장기보유특별공제'의 축소 가능성이 대두되면서, 갈아타기를 준비하던 실수요자들의 셈법이 복잡해졌습니다. 이번 개편안의 핵심은 '보유'보다는 '거주'에 방점을 두는 것입니다. 이 글에서는 구체적인 세부담 변화 수치를 통해 향후 전략을 짚어봅니다.


✍🏻장기보유특별공제 개편안의 핵심

'보유' 혜택의 축소

현재 소득세법에 따르면 1가구 1주택자가 12억 원을 초과하는 고가 주택을 양도할 때, 10년간 보유하고 거주했다면 최대 80%(보유 40%, 거주 40%)의 공제 혜택을 받을 수 있습니다.

  • 1주택자: 12억 이하 비과세

  • 12억 초과분: 최대 80% 공제 (보유 40% + 거주 40%) 

하지만 최근 범여권에서 발의된 개정안은 이 공제금액의 상한을 평생 2억 원으로 제한하거나, 비거주 보유에 대한 공제를 폐지하는 내용을 포함하고 있습니다. 신한은행 부동산투자자문센터 전문가들은 제도 취지상 전면 폐지보다는 '거주 기간' 동안만 보유 공제를 인정하는 방식으로 축소될 가능성이 높다고 보고 있습니다.
이는 실거주를 하지 않고 보유만 한 1주택자에게는 상당한 세금 압박으로 작용할 전망입니다.

📋개편 시 시나리오별 세부담 증가 효과 분석

가장 큰 관심사는 "실제로 세금이 얼마나 오르는가"입니다. 신한은행 부동산투자자문센터가 분석한 시뮬레이션 데이터에 따르면, 보유 기간에 대한 장특공이 폐지된다고 가정할 때 양도세 차이는 극명하게 갈립니다.

구분

장기보유특별공제 적용방식

10년 보유 + 10년 거주

10년 보유 + 5년 거주

10년 보유 + 비거주

기존 양도세

보유 40% + 거주 40%

보유 40% + 거주 20%

보유 20%

사례 ①

약 60만 원

약 200만 원

약 580만 원

사례 ②

약 3,400만 원

약 8,900만 원

약 2억 700만 원

변경 양도세(안)

(보유 장특공 폐지 가정)

거주 40%

거주 20%

보유 0%

사례 ①

약 390만 원

약 580만 원

약 890만 원

사례 ②

약 1억 4,700만 원

약 2억 700만 원

약 2억 7,000만 원

(* 누진공제와 지방소득세를 고려한 금액. 이해를 돕기 위한 수치로 세부 금액은 달라질 수 있음)
(출처: 신한은행 부동산투자자문센터 자료 재구성, 2026년)

위 데이터가 시사하는 점은 실거주를 10년 꽉 채운 경우라도 '보유 공제'가 사라지면 1억 원 이상의 세금을 더 내야 한다는 것입니다. 특히 서울 아파트 평균 매매가격이 13억 원을 상회하는 상황에서, 12억 초과 고가 주택에 해당하는 대다수 서울 거주자들은 이 개편 방향에 주의를 기울여야 합니다.✅


❓장기보유특별공제 개편과 실수요자 대응 가이드
Q
12억 원 이하의 아파트를 보유한 1주택자도 영향이 있나요?
A
🙅🏻‍♂️아니요, 영향이 제한적입니다.
현행 소득세법상 1가구 1주택자가 2년 실거주 요건을 충족하면 양도가액 12억 원까지는 비과세 혜택을 받기 때문입니다. 다만, 향후 자산 가치 상승으로 12억 원을 초과하게 될 경우를 대비해 개편 방향을 모니터링할 필요는 있습니다.
Q
세부담 증가가 무서운데 지금이라도 매도해야 할까요?
A
장특공 이슈만으로 서둘러 매도할 필요는 없습니다. 신한은행 부동산투자자문센터 전문가 의견에 따르면, 현재 정책은 실거주자 보호에 초점이 맞춰져 있습니다.
따라서 본인의 거주 요건 충족 여부와 향후 주거 계획, 자금 흐름을 종합적으로 고려해야 합니다.
무리한 갈아타기보다는 세제 개편의 확정안이 나올 때까지 신중한 판단이 필요합니다.

🏠실거주 중심의 정책 변화, 신중한 포트폴리오 점검이 필요한 때

결론적으로 장기보유특별공제 개편 논의는 고가 주택 보유자에게 실질적인 세부담 증가 요인이 될 가능성이 매우 높습니다. 1세대 1주택 양도세 혜택의 본질이 '거주 이전의 자유 보장'과 '물가 상승분 보전'에 있는 만큼, 개편은 비거주 보유 혜택을 걷어내고 실거주 혜택을 집중하는 방향으로 흘러갈 것입니다.

지금 가장 중요한 것은 "내 집이 고가 주택(12억 초과)에 해당하는가"와 "실거주 기간을 얼마나 확보했는가"를 점검하는 것입니다. 단순한 공포감에 따른 매도 결정보다는, 자산 가치와 세금 증가분을 비교 분석하여 목적에 맞는 주거 전략을 수립해야 합니다.정책의 불확실성이 높은 시기일수록 전문가의 조언을 바탕으로 한 데이터 기반의 의사결정이 포트폴리오를 지키는 핵심입니다.

사진AI 이미지
부동산 전문가

권영선

신한은행 부동산투자자문센터